药物的使用及疗效，常受许多因素的影响。尤其慢性病患者，当同时患有其它疾病需要用药时，则可能因机体生理状况发生的一系列改变，使药物的体内过程及作用发生明显变化，导致药物效应减弱或增强，甚至出现药物的毒副反应。
胃肠系统病
口服是常用的一种给药方法，它既方便又安全，易为慢性病患者接受。但是许多疾病常能影响胃肠蠕动，改变胃排空速度。偏头痛、胃溃疡及精神抑郁症患者胃肠蠕动减慢，胃排空时间延长，药物在胃液中停留时间增加，而吸收推迟，血中药物浓度高峰降低。而甲状腺机能亢进、小肠憩室症以及精神焦虑兴奋状态下，则胃肠蠕动加快，胃排空时间缩短，可促进药物与小肠粘膜的接触，加快弱酸及弱碱类药物吸收速度和增加吸收量。但在此情况下，狄戈辛等难溶性药物吸收减少。故甲状腺机能亢进伴有慢性心房纤颤的患者，为了维持疗效，常需增加狄戈辛的剂量。
某些疾病干扰胃肠吸收功能，使药物吸收出现异常。如慢性胰腺炎或胆囊纤维化病人，头孢菌素Ⅳ的吸收量明显减少，萎缩性胃炎患者对四环素的吸收减少。脂肪泻患者对铁，钙等无机盐，叶酸，维生素B12、A、D和K及脂溶性的药物吸收减少。
肝脏病
肝脏含有丰富的药物代谢酶，是许多药物的代谢场所。慢性病患静伴有肝脏疾患时，如服用异烟肼，醋氨酚、心得安、美多心安，心得舒、氯丙嗪，利他林、度冷丁等药物，则生物利用度增加，药物的肝清除率减慢，血中药物浓度升高。因此，要减少这些药物的日服剂量，并延长给药间隔时间。
肝病患者常伴有低蛋白血症，使安定、安妥明、利眠宁等血浆中非结合型药物浓度升高，药理效应增加，甚至出现药物的毒性反应。肝性脑病的病人对镇静药及麻醉药十分敏感，就是因为这些药物的血浆非结合型浓度升高，到达中枢的药量增多所致。
慢性肝炎患者服用强的松时药效降低。这是因为强的松需要在肝脏中代谢为强的、松龙后才产生：效应。慢性肝炎时肝脏药物代谢酶活性下降，使这种转化降低。
肾脏病
许多药物是经过肾脏排泄的。如果慢性病患者伴肾功能不良，则影响药物的排泄速度。肾小球滤过率的变化，是肾功能障碍时引起药物效应变化的重要因素之一。某种药物的肾小球滤过能力决定于药物分子的大小、药物与血浆蛋白结合率、肾小球滤过膜的完整性以及有滤过能力的肾单位数目。肾病综合征破坏了肾小球滤过膜功能的完整性，使药物从尿中排出加快。急性肾小球肾炎，使具有滤过功能的肾单位减少，药物的滤过量减少，使药物血浆半衰期延长。因此，通过肾脏排泄的药物，在伴有肾功能不全的慢性病患者，必须根据肾功能情况调整药物剂量。
有机酸及有机碱类药物可从肾小管分泌，如消炎痛、水杨酸盐、保泰松、青霉素类、磺胺类、丙磺舒、甲氨喋呤、速尿、噻嗪类及普鲁卡因胺、乙胺丁醇等，尿毒症时，体内蓄积的内源性有机酸与有机酸类药物竞相分泌，可使这些药物排泄减少。
肾功能障碍时需要调整剂量的药物有：
轻度衰竭：庆大霉素、卡那霉素、链霉素、头孢唑啉、四环素、氯磺丙脲等；
中度衰竭：庆大霉素、新霉素，二甲胺四环素，氨苄青霉素，羧苄青霉素、醋氨本分、眠尔通、秘眠宁、狄戈辛，普鲁卡因胺、保泰松、扑痫酮、甲氨喋呤，环磷酰胺、吩噻嗪类等；
重度衰竭：头孢菌素I和Ⅳ、青霉素G、甲氧苯青霉素、洋地黄毒甙、氨苯喋啶、甲磺丁脲、导眠能、肼苯哒嗪等。
肾功能衰竭时尽量避免应用的药物有：对氨基水杨酸、利尿酸、两性霉素B、丙磺舒、噻嗪类利尿药、醋氨酚等。
心脏病
冠心病患者的心输出量可能减少，使血液流入其他器官的量亦相应减少，因此可使某些药物的疗效改变。
呼吸系统病
伴有慢性呼吸系统疾病的患：者，往往因服用某些镇静剂而引起呼吸衰竭。伴有支气管哮喘的心血管患者，心得安应禁用，因它能引起支气管痉挛、急性呼吸衰竭，甚至造成死亡。伴有高血压的患者应禁用含麻黄索的止咳药，因为麻黄素能使血压升高。
慢性病患者往往并发其他病患，用药品种相对的比其他患者要多，因此产生药物不良反应机会亦多。为了减少这些不良反应，这些患者用药品种、剂量及药物监护均应慎重考虑。