学习大生产需要的实践技能上，父亲则希望他子承父业学经济，杨弘远却毫不犹豫地将第一志愿瞄准了武汉大学冷僻的生物专业，并被顺利录取。当时，全系学生人数总共30多名，更有一个年级仅男、女学生各一名，且报考生物学的多是第二志愿，像杨弘远这样以第一志愿入学者微乎其微。由于不喜欢解剖台上解剖动物时血淋淋的场面，很快，杨弘远将注意力转移到了植物学上。
大学4年，为了致力于植物探究，杨弘远可以说是铁定了心，铆足了劲。
为了自己心爱的专业不被耽搁，杨弘远“斗胆”违背一年级学生都要下乡去参加土改的规定，而向学校提出和二年级学生一起到宜昌去做高山实习。虽然学校批准了，但后来杨弘远自己回想起来都有些后怕：“当时自己就是傻乎乎的，怎么能不去搞土改呢？那可是出格的行为啊，要挨批评的！”就这样，杨弘远在自己心爱的专业里沉浸了4年。
1954年大学毕业前夕，他怀着将青春献给祖国科学事业的豪情壮志， 在毕业分配志愿书上郑重地填写：第一志愿“高山勘察队”、第二志愿“科学院上海植物生理研究所”、第三志愿“综合大学生物系”。结果被分配到本校本系担任助教工作。在那个时代，服从组织分配是天经地义的事。于是，杨弘远义无反顾地走上教学岗位，从此和武汉大学生物系结下不解之缘。每周4次实验课，每次杨弘远都乐在其中。他还抽空自己做实验，阅读俄文版植物解剖学教材，看到新奇的内容，就摘译下来。
1955年夏，杨弘远被调到达尔文主义教研室 （后更名为达尔文主义与遗传学教研室）协助来校讲学的苏联专家工作。
尽管当时杨弘远只能帮助收集翻译专业资料、旁听专家讲课和与研究生的谈话而与当研究生无缘，但他善于抓住机会，充分利用这一难得的机遇，用心观摩苏联专家指导研究生的每一个环节。同时，他从苏联专家带来的大量俄文书籍中，意外看到一本《被子植物胚胎学》，从而引发了对探索植物有性生殖奥秘的浓厚兴趣。
同期，杨弘远还有幸得到一份人生最珍贵的收获：与刚从苏联列宁格勒大学生物系毕业的周嫦共事，志同道合，最终结为终生伴侣。
不料，当杨弘远与周嫦正打算在植物有性生殖研究领域大干一场时， 一场来势汹涌的反“右派”斗争袭来。杨弘远的母亲袁昌英被划为“极右分子”“历史反革命分子”，被开除公职，监督劳动改造。杨弘远的父亲杨端六也因自身历史问题和老伴的处境而备受打击。杨弘远作为这个家庭出身的子弟，承受着沉重的政治压力，处境可想而知。随后的两年间，杨弘远先后两次下乡，直到1962年才回校稳定开设植物胚胎学课程。
回校开课后，杨弘远激情高涨。给学生授课，每讲一遍就修改充实一次讲义与实验指导，力求在讲透基本内容外多向学生介绍最新研究进展。在最后一次编印的教材中，杨弘远参考了167篇论文与专著，且大多是俄文与英文文献。
教学之余，杨弘远抓紧时间在科研上奋力拼搏，每年春夏进行田间实验，秋冬转入室内工作，先后在小麦、油菜、芝麻等作物上开展研究。最后，他选定受精生物学方面研究相对薄弱的芝麻作为重点研究对象，并取得了进展。正是这项研究成果，成为了杨弘远科学道路上的一块奠基石。